A terceira temporada começa vários meses depois que o grupo fugiu da fazenda, e Lori está nos últimos dias de sua gravidez. Após algum tempo na estrada, o grupo se depara com uma prisão fortificada e acreditam que possam convertê-la em seu novo lar. Apesar de garantir a posse sobre a prisão, um caminhante morde Hershel no tornozelo e Rick é forçado a amputá-lo para evitar sua morte. Eles logo descobrem vários detentos sobreviventes que estavam presos no refeitório. Enquanto
Rick, Daryl e T-Dog ajudam a limpar uma cela separada para que os detentos possam viver, a maioria dos prisioneiros são mortos. Os únicos prisioneiros restantes - Axel e Oscar - passam a viver numa cela separada, mas logo eles acabam se integrando ao grupo de Rick. Após uma invasão de caminhantes (provocada por Andrew, um dos detentos que acreditava-se estar morto) o grupo se divide e lutam contra os caminhantes. T-Dog é mordido na luta e se sacrifica para salvar Carol, enquanto Lori entra em trabalho de parto e é acudida por Maggie e Carl, que se refugiam em uma parte isolada da prisão. Lori insiste para que Maggie realize uma cesariana de emergência para salvar o bebê. A operação resulta na morte de Lori. Carl é forçado a matá-la para evitar sua reanimação. Depois de vários dias de luto, Carl e Rick dão o nome de Judith ao bebê.
Na prisão, Carl encontra um outro grupo de sobreviventes - liderado por Tyreese e sua irmã Sasha - e abriga-os. Rick retorna, mas enquanto ele está falando para os recém-chegados, Lori aparece para ele em uma alucinação, lançando-o em um acesso de fúria e ordenando o grupo de Tyreese a sair. Eles finalmente encontram refúgio em Woodbury. O Governador e sua equipe decidem então atacar a prisão após saber a respeito da mesma, matando Axel e rompendo os muros antes de se retirar.
Andrea, em busca de pacificar a relação entre os dois grupos, arranja um encontro entre Rick e Governador, que promete acabar com todas as hostilidades em troca de ter Michonne. Secretamente, porém, ele planeja matar o grupo inteiro da prisão. Andrea descobre a trama e tenta escapar da prisão, mas o Governador a captura. Rick diz a Merle (que a essa altura se aliou ao grupo do irmão abandonando as ordens do Governador) sobre o pedido do Governador em entreegar Michonne e ele se compromete a seqüestrar Michonne e a entregá-la. A caminho da prisão, Merle e Michonne conversam, e Merle tem uma mudança de coração e resolve liberá-la. Em um emboscada realizada pelo Governador, Merle é morto. Daryl então encontra Merle reanimado como um caminhante e é forçado a matá-lo.
Governador ordena a Milton matar Andrea, e quando seu ex-assessor recusa, o Governador fatalmente esfaqueia Milton e tranca-o em uma sala com Andrea, de modo que ele possa matá-la devorada após reanimar. O Governador, então, novamente ataca à prisão, mas o grupo de Rick encena uma emboscada e repele o ataque. Quando os soldados de Woodbury, assustados, fogem, o Governador extermina a maioria deles por raiva. Rick, Daryl e Michonne encontram Karen - único sobrevivente do massacre - enquanto estão a caminho de Woodbury para acabar com o Governador. Karen convence Tyreese e Sasha a permitir a entrada de Rick, Daryl e Michonne. Eles, então, encontram Andrea viva, mas mortalmente ferida devido a uma mordida do Milton zumbificado. Andrea usa um revólver de Rick e se suicida com um tiro na cabeça tendo Michonne ao seu lado. A temporada termina com o grupo de Rick retornando à prisão, juntamente com os restantes sobreviventes de Woodbury, enquanto que o paradeiro do Governador permanece desconhecido.
EPISÓDIOS:
01 - Semente
02 - Insanidade
03 - O Governador
04 - Assassino Interno
05 - Diga a Palavra
06 - Perseguido
07 - A Marca da Maldade
08 - Feitos para Sofrer
09 - O Rei Suicida
10 - Lar
11 - Eu Não Sou Um Judas
12 - Livre
13 - Saída
14 - Dia do Caçador
15 - Por Uma Vida Infeliz
16 - Bem Vindo as Tumbas
